地区保护主义抬头，影响生产要素跨区域合理流动。在目前的经济体制条件下，各行政区域实际上成为经济发展的重要单元，政府事实上承担着本地经济发展的重要责任。正因为如此，各地方政府以“我”为主，着力强化经济发展目标，着力提高自我发展能力，着力实现比较优势最大化。在竞相加快发展的同时，必然要形成一定程度的竞争，各自追求利益最大化的结果，有可能诱发地区保护主义行为。最近，为保本地经济增长，有的地方出台“购本地货”的优惠措施，还有的提出优先保证本地居民就业等，就是比较典型的地区保护主义。
区域无序开发，影响资源的优化配置。由于国有资源分布于不同行政区域，导致这些资源事实上被行政区域化。有的地方对于存在于本区域的国有资源采取越权审批、化整为零审批等多种手段，把本应由国家统一规划开发的宝贵资源转让给不同开发主体，分割成多个资源区块，通过无序开发，从中谋利。不仅造成资源严重浪费，也导致无序竞争、重复建设和一系列环境问题。
区域协调机制不健全。特别是财税体制仍需完善，财政转移支付还需进一步规范，目前专项转移支付名目繁多，一般性转移支付规模偏小。按照形成主体功能区的要求，完善区域政策，调整经济布局，还需要在机制上进一步完善，如资源和生态补偿机制就尚未形成。
公共服务均等化差距较大。由于公共服务需要加大政府投入，一些地方政府缺少应有的财力，从而缺乏提供基本公共服务的能力。这种由经济发展程度的差别导致基本公共服务的差距，经济发展水平决定基本公共服务水平的情况，仍有进一步扩大的趋势。尤其是在中西部地区，地方平均负债水平比较高，有的地方政府连正常开支都难以为继，不可能保证基本公共服务的大规模投入。
区域合理分工尚未形成。由于长期的粗放式经济增长方式的影响，使得东部沿海部分地区过度依赖外部市场，单纯依靠廉价的劳动和土地要素维持一段时间高增长。一些地区经济的集聚已经与当地资源承载能力不相适应，造成能源、资源过度紧张，环境问题日益严峻。有的城市由于追求经济快速增长，盲目开发、滥上项目，导致无地可批、水资源枯竭、生态系统整体功能退化，生存和发展受到威胁。而中西部地区丰富的劳动力、矿产资源、土地资源以及良好的产业基础，却没有得到合理开发利用。
（二）缩小区域发展差距五策
当前，推动区域经济协调发展，首要的是缩小地区发展差距，通过政策支持、区域互动和加快提高欠发达地区自我发展能力，创造条件逐步缩小区域发展差距。
其一，加大国家政策支持力度。
按照区域总体战略和形成主体功能区要求，把各项政策落实到位。健全中央和地方财力与事权相匹配的体制，赋予地方以更大的发展自主权。推进财税体制改革，完善和规范财政转移支付制度，重点支持中西部贫困落后地区加快发展。要建立完善生态环境的补偿机制，对以生态环境保护为主的“限制开发”和“禁止开发”地区，要及时补偿到位。建立和完善资源地区的利益分享机制，使这些地区能够在资源开发和生态环境保护中获得合理的回报。
其二，推进实现基本公共服务均等化。
当前，实现基本公共服务均等化，要从基础做起，国家通过加大对中西部地区基础设施投入力度、加大社会事业投入力度，加大社会保障的投入力度，使这些地区尽快补上基本公共服务方面的欠账，缩小与发达地区在基本公共服务方面的差距，这是实现均等化最起码的要求。在此基础上，对于新增公共服务投入要统筹规划，适度向中西部倾斜。
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